«Агора» была включена в список «иностранных агентов» 21 июля Минюстом на основе представления республиканской прокуратуры. Правозащитников обвинили в получении денег из-за рубежа и участии в политической деятельности. В предписании прокуратуры речь идет о защите интернет-активистов, докладах ассоциации о свободе интернета, в которых критиковалась законотворческая деятельности последних лет. Также как участие в политике расценили в надзорном ведомстве защиту участников уличных акций протеста, в том числе задержанных в рамках «болотного дела».

Закон об иностранных агентах, принятый в конце 2012 года, вызвал резкую критику со стороны НКО. У правозащитного сообщества сформировался консенсус самостоятельно не подавать документы на включение в список иностранных агентов. В начале 2013 года прокуратура начала массовые проверки НКО. При этом Минюст, в ведении которого находится список «иностранных агентов», не проявлял активности, в отличие от ведомства Юрия Чайки.