О планах надзорного ведомства пишет «Газета.Ru». На сайте Генпрокуратуры сообщается, что проверять ФБК будут на «соответствие деятельности целям, предусмотренным их учредительными документами, и законодательству Российской Федерации ст. 32 Федерального закона от 12.01.1996 № 7-ФЗ "О некоммерческих организациях"».

Юристы ФБК в настоящее время добиваются в столичных судах рассмотрения исков к главе надзорного ведомства — генпрокурору Юрию Чайке. 1 декабря 2015 года Фонд борьбы с коррупцией опубликовал расследование о бизнесе сыновей генпрокурора Чайки, который позже назвал публикацию заказной и лживой. Эти слова ФБК пытается оспорить в суде, но Пресненский, Тверской и Останкинский суды Москвы отказались принять иски к рассмотрению и вернули их заявителям.