Уголовное дело о «террористическом сообществе "Сеть"» было возбуждено ФСБ в октябре 2017 года. Тогда в течение месяца в Пензе задержали Зорина, Шакурского, Куксова, Пчелинцева, Чернова и Сагынбаева (последнего силовики нашли в Петербурге и этапировали в Пензу). Двое пензенцев — Иванкин и Кульков — скрылись и были объявлены в розыск; 6 июля 2018 года стало известно, что их задержали в Москве, отвезли в Пензу и арестовали. В январе 2018 года в Петербурге по тому же делу были задержаны Виктор Филинков и Игорь Шишкин. 11 апреля обвинения предъявили еще одному петербуржцу — Юлию Бояршинову.
Большинство фигурантов дела — антифашисты и анархисты; многих задержанных объединяет и увлечение страйкболом.
Родные пензенских фигурантов дела рассказывали, что при задержании им подбросили оружие, а затем пытали. О пытках подробно говорили Виктор Филинков, Дмитрий Пчелинцев и Илья Шакурский. В сентябре Арман Сагынбаев сказал, что дал признательные показания под пытками. Уже в суде о пытках сообщил еще один обвиняемый — Андрей Чернов.
О допросе с применением электрошокера сообщал и Илья Капустин, которого отпустили в статусе свидетеля — опасаясь за свою безопасность, он, как и жена Филинкова Александра, уехал в Финляндию и получил там политическое убежище.
Пчелинцев и Шакурский говорили, что сотрудники ФСБ пытали их током в подвале пензенского СИЗО. Шишкин о пытках не заявлял, однако врачи диагностировали у него перелом нижней стенки глазницы, многочисленные гематомы и ссадины, а посетившие Шишкина в СИЗО члены ОНК зафиксировали на его теле многочисленные следы, похожие на ожоги от электрических проводов. Кроме того, обвиняемый Юлий Бояршинов несколько месяцев провел в «пресс-хатах» СИЗО-6 Ленинградской области. Там его несколько раз избивали.
СК проигнорировал все жалобы фигурантов дела на пытки. Так, в случае Филинкова следователь решил, что сотрудники ФСБ били его электрошокером законно, а следы на теле Капустина остались не от шокера, от укусов клопов.
Один из фигурантов дела — антифашист Игорь Шишкин — уже получил 3,5 года колонии. Он полностью признал вину, подписал соглашение о сотрудничестве со следствием и дал показания против других обвиняемых. Дело против еще одного фигуранта — Егора Зорина — прекратили в сентябре 2018 года. Он дал тоже показания на других фигурантов, после чего его отпустили под домашний арест.
В начале февраля семеро фигурантов дела «террористического сообщества "Сеть"» получили сроки от 6 до 18 лет колонии. Вскоре Второй западный окружной военный суд на выездных заседаниях в Петербурге после семимесячного перерыва возобновил рассмотрение по существу дела Филинкова и Бояршинова.